Zgodnie z ustawą o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw z dnia 29 października 2021 r. (Dz.U. z 2021 r. poz. 2105) do art. 21 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym został dodany punkt 39f, zgodnie z którym wolne od podatku dochodowego są: stypendia doktorskie i inne środki finansowe otrzymane w ramach konkursów na stypendia doktorskie organizowanych przez Narodowe Centrum Nauki oraz stypendia naukowe otrzymane na podstawie regulaminów przyjętych przez Radę Narodowego Centrum Nauki. Przepis ten wchodzi w życie z dniem 1.01.2022 roku.
W ocenie Centrum na podstawie ww. przepisu od dnia 1 stycznia 2022 roku wolne od podatku dochodowego będą:
- stypendia doktorskie i inne środki finansowe przyznane w ramach konkursu ETIUDA,
- stypendia naukowe przyznane i wypłacane w projektach badawczych we wszystkich konkursach Narodowego Centrum Nauki, w których możliwe jest zaplanowanie i wypłacanie takich stypendiów (OPUS, SONATA, SONATA BIS, MAESTRO, SYMFONIA, DIOSCURI, konkursy międzynarodowe dwu- lub wielostronne).
Dodatkowo zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wolne od podatku dochodowego są: stypendia i zapomogi, o których mowa w ustawie z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, oraz stypendia otrzymywane w ramach programów lub przedsięwzięć, o których mowa w art. 376 ust. 1 tej ustawy; w przypadku stypendiów przyznawanych przez osobę fizyczną lub osobę prawną niebędącą państwową ani samorządową osobą prawną zwolnienie ma zastosowanie, o ile zasady ich przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego i nauki.
Zdaniem Centrum zwolnienie wynikające z ww. przepisu obejmuje również stypendia doktoranckie wypłacane w projektach finansowanych przez Centrum w ramach Konkursu PRELUDIUM BIS. Należy podkreślić, że w konkursie PRELUDIUM BIS Centrum finansuje projekty, które w swoim założeniu są realizowane przez doktorantów w ramach przygotowywanych przez nich rozpraw doktorskich. Budżet takich projektów badawczych obejmuje m.in. koszty stypendiów doktoranckich wypłacanych w ramach projektu badawczego. To, że budżet projektów obejmuje takie koszty nie oznacza jednak, że to NCN jest podmiotem wypłacającym stypendium. Stypendium doktoranckie wypłacane w ramach projektów PRELUDIUM BIS jest wypłacane przez podmiot prowadzący szkołę doktorską, na zasadach określonych w art. 209 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce. Tym samym stypendia takie mieszczą się w ocenie Centrum w zakresie zwolnienia przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Jednocześnie NCN zaznacza, że Centrum nie jest uprawnione do wydawania interpretacji prawa podatkowego. W przypadku jakichkolwiek wątpliwości podatnik lub płatnik podatku powinien wystąpić do odpowiednich organów podatkowych z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej.